Quando dois irmãos, Edward e Alphonse Elric tentam reviver a sua mãe usando Alquimia, algo sai muito errado. Edward perde a sua perna e o seu braço, e Alphonse perde o seu corpo por completo. Agora, alguns anos depois, Edward se torna aquilo que conhecem como "Alquimista Federal", ou seja, um alquimista reconhecido nacionalmente. Juntamente com Alphonse, cujo o espírito está preso em uma armadura de metal e com os seus "Automail" da perna e do braço, Edward e Alphonse partem em uma busca para restaurar o seu estado natural.